تزخر محافظة الأقصر بعدد كبير من الآثار الإسلامية، أبرزها عدد من المساجد التاريخية التي تنتشر في ربوع المحافظة منذ الفتح الإسلامي لمصر. ومع فتح الصحابي عمرو بن العاص لمصر، تم إنشاء عدة مساجد في صعيد مصر منها 3 حملت اسمه، وهى مسجد العمري في مدينة إسنا، ومسجد العمري في مدينة الطود ومسجد العمري في مدينة أرمنت. ويعد المسجد العمري في مدينة إسنا أحد أبرز الآثار الإسلامية في مصر، ويقع على كورنيش النيل، ويعد مزارًا سياحيًا يقصده عشرات السياح. ويعتبر مسجد سيدي أبو الحجاج في الأقصر، من أهم المساجد الأثرية في مصر، لما له من طابع خاص، حيث بني فوق معبد الأقصر الفرعوني منذ أكثر من 800عام. وينقسم المسجد إلى جزئيين، المسجد القديم ويوجد في المعبد ويخرج المصلون منه من بوابه المعبد الخلفية، وضم هذا المسجد إلى هيئة الآثار، وتم بناء مسجد أبو الحجاج الحديث والذي يخرج منه المصلون من الناحية الشرقية في عام 2000.