رصدت حركة 6 إبريل العديد من التجاوزات في المرحلة الثانية من الاستفتاء، وخاصة استخدام العنف من قبل الإخوان المسلمين والتيار الإسلامي بشكل عام، في مواجهة نشطاء الحركة وحزب الدستور والتيار الشعبي. وأكدت الحركة أن نشطائها كان يعملون علي وقف انتهاكات الإخوان، وكذلك اعتداء عدد من القضاة علي أعضاء حركة شباب 6 أبريل والمراقبون الحقوقيون، من بينهم فتاتين وهن الزميلة داليا محمد في أحدي لجان مركز الخناكه بالقليوبية والزميلة مي الشامي والتي أعتدي عليها المستشار محمود أبو زيد الجيزاوي بالقول والضرب. وقال أحد مؤسسي حركة شباب 6 أبريل محمد عادل ، إن الحركة رصدت قيام عدد من القضاة بترك اللجان للموظفين وقيام قضاة آخرون بالترويج داخل اللجان بنعم للدستور، مؤكدا أن هناك تنسيق كامل بين الحركات الشبابية والقوي السياسية للتصدي لمواجهات الإخوان والسلفيين.