شهدت لجان الاستفتاء في الإسكندرية، ما وُصِف بأنه "انتهاكات"، من قبل حزبي "النور" السلفي، و"الحرية والعدالة"، الذراع السياسية لـ"الإخوان المسلمين"، إلى جانب توجيه الناخبين داخل بعض اللجان للتصويت بـ"نعم"، وانتحال بعض الشخصيات صفة قاضي، وهذا ما أقرت به تقارير حقوقية. ورصدت حركة "كفاية" في الإسكندرية العديد من المخالفات، منها "ترؤس موظفين في النيابة بعض اللجان، مدَّعين أنهم قضاة، كما هو الحال في اللجنة 20 في مينا البصل، والتي تحرر عنها المحضر رقم 6356 لسنة 2012 إداري، واللجنة 18 مدرسة العروبة في مينا البصل، ولجنة مدرسة محمد سعد في خورشيد، ومدرسة الطفولة السعيدة في سيدي بشر دائرة المنتزة، ومدرسة السيرة الحسنة دائرة الرمل". وأضاف تقرير صادر عن "كفاية"، أن "هناك بعض المدارس لم يتأكد فيها القضاة من هوية المنتقبات، فضلاً عن مدارس لا يوجد بها حبر فسفوري ومنها مدرسة الضاهرية في دائرة الرمل لجنتي 36 و35"، فيما كشف التقرير عن "وجود بطاقة دوارة في مدرسة سميرة موسى في البيطاش دائرة الدخيلة، وعن توجيه اثنين من السيدات اللاتي يرتدين الخمار إلى الناخبات في لجنتي 76 و77 مدرسة عاطف صدقي، في سيدي بشر دائرة المنتزة". وتابع التقرير: تم تحرير المحضر رقم 6352 لسنة 2012 إداري مينا البصل ضد حزب "النور" لقيام أعضائه بعمل دعاية للتصويت بـ"لا" أمام مدرسة الجلاء الابتدائية في الورديان، وتعليق لافتة لشيوخ السلفية الذين سيصوتون بـ"لا". في السياق ذاته، رصدت الحملة الشعبية لدعم مطالب التغيير"لازم" العديد من المخلفات منها "عدم وجود قضاة في اللجنة 77 في مدرسة عاطف صدقي في دائرة المنتزة، وفي مدرسة عمر بن الخطاب لكبار السن دائرة الرمل، ما تسبب في توجيه رئيس اللجنة لعدد كبير من الناخبين للتصويت بـ(نعم)، فضلاً عن رصد أعداد كبيرة من الناخبات داخل غرفة التصويت في مدرسة سامي البارودي التجريبية.  وأمام مدارس "محمد نجيب"، و"أبو الفتوح" في منطقة العجمي غرب الإسكندرية، رصدت الحملة قيام مجموعة من "الإخوان المسلمين" باستخدام "اللاب توب" لإرشاد الناخبين، وكتابة أرقامهم على ورق مشابه لأوراق التصويت، وعليه علامة "نعم". وكشفت الحملة أن أوراق التصويت "غير مختومة" في اللجنة 24 مدرسة "الطلائع الإعدادية بنين"، في العجمي، وتقدمت الناخبة وفاء عبد المنعم بشكوى مكتوبة إلى أحد ضباط القوات المسلحة القائم بتأمين اللجنة، وفي مدرسة "أحمس" دائرة اللبان، اكتشفت الحملة أن رئيس اللجنة رقم 12 يعمل موظفًا في الشهر العقاري، وقام بتسويد عدد كبير من البطاقات بـ"نعم"، وقامت قوات التأمين بإلغاء التصويت في اللجنة. وحرر الناخب إسلام الغزولي، في لجنة 106 في مدرسة "مصطفي مشرفة الابتدائية" في سيدي بشر، محضرًا في قسم شرطة المنتزه أول، حمل رقم21865، اتهم فيه الشيخ ياسر برهامي، بمحاولته التدخل الإداري في شؤون التنظيم داخل اللجان في المدرسة، وإثارة غضب الناخبين.