نشبت خلافات حادة عقب الموافقة على مشروع قانون الصكوك بمجلس الشورى حول فكرة عرض القانون على الأزهر الشريف ، حيث قال النائب ثروت نافع " إن اخذ راى الازهر يكرس لفكرة ولاية الفقيه وهذه سابقة لم تحدث فى اى تاريخ العمل البرلمانى". ومن جانبه، قال النائب د. رمضان بطيح لو تحدثنا بلغة القانون" المجلس صاحب السلطة التشريعية ولا تشاركه سلطة أخرى و عندما يثار خلاف نحتكم الى تفسير الأزهر لبحث هل يتفق مع المادة الثانية أو لا. وطالب النائب أسامة فكرى من حزب" النور" حذف كلمة "ولاية الفقيه" من مضبطة المجلس وقال " ولابد من عرض الامر على الأزهر وهيئة كبار العلماء ولا يوجد فى ذلك انتقاص من شأن البرلمان". ومن جانبه، قال حسن عليوة " اخذ رأى الازهر وجوبيا، وعندما اعترض نواب الحرية والعدالة قال عليوة " اتحدث قانون ولا اتحدث سياسة". و قال رئيس مجلس الشورى د. احمد فهمى " اننى طلبت مذكرة من مستشارين قانونيين والمجلس له راى كامل الراى فى حسم الموقف وتؤكد المذكرة التى حصلت عليها عدم اخذ راى هيئة كبار العلماء فى قانون الصكوك وتابع " الدستور حصر التشريع على البرلمان فقط. وأضاف فهمى المادة الرابعة من الدستور تنص على ان الازهر هيئة مستقلة ويتولى نشر الدعوى واللغة العربية و يؤخذ برايه فيما يخص الشريعة الاسلامية.. اللافت ان مندوب الحكومة القى الكرة فى ملعب البرلمان رافضا اعلان موقفها . ومن جانبه صلاح عبد المعبود النائب عن حزب"النور " ما الذى يضيركم اذا عرضتم القانون على الازهر وعلق د. محمد محيي الدين عضو المجلس عن غد الثورة " راى هيئة كبار العلماء استشارى فقط. ومن جانبه علق د. محمد الصغير هل ترون ان احد مواد القانون يخالف الشريعة وهنا صفق له النواب واتهم من يطالبون باخذ راى الأزهر بمن يغازلون الشارع وصحف المعارضة استعدادا للانتخابات البرلمانية و اخذنا فى الاعتبار راى مجمع البحوث الاسلامية وتابع " القول بذلك شغب سياسى وهنا ثار نواب حزب النور . و اضطر الصغير الى المطالبة بشطب عبارة الشغب السياسى من المضبطة بعد ان هدد نواب النور بالانسحاب من الجلسة . ثم رفعت الجلسة بعد اخذ الموافقة نهائيا على مشروع القانون .