قررت محكمة الإرهاب في منطقة سلا في المغرب، بعدما أفرجت السلطات الأميركية عن يونس الشقوري وسلمته للمغرب، بعد التأكد لها أنه غير مذنب، وضعته السلطات المغربية رهن الاعتقال الاحتياطي في سجن سلا، وذلك من أجل التحقيق معه، ومواجهته بكل العناصر السلفية التي كانت له علاقة بها حين كان يحارب في بؤر التوتر في الشرق إلى جانب بلاده.
وقرر قاضي التحقيق في محكمة الإرهاب في سلا إجراء المواجهة بين يونس الشقوري وبين سلفيين آخرين كانوا على علاقة بالتنظيم الإرهابي والذي كان يتزعمه زوج أخته مريم، نور الدين نفيعة المعتقل حاليًا في سجن بوركايز نواحي فاس.

ويعتبر يونس الشقوري من أبرز المرحلين من معتقل "غوانتنامو"، والذي  يواجه تهمة تنفيذ بأعمال إرهابية والمس بأمن الدولة الداخلي والانتماء إلى الجماعة الإسلامية المغربية المقاتلة، وهي التي كانت وراء الزج به في "غوانتنامو" لما يقرب من 14 سنة.

وكانت الجماعة الإسلامية المغربية المقاتلة، يتزعمها صهر الشقوري المدعو أبو معاذ نفيعة، والذي اعتقل في موريتانيا في 2002، قبل الأحداث الدامية  لمدينة الدار البيضاء 2003، والمحكوم عليه بـ22 سنة سجنًا نافذًا، بالإضافة إلى نفيعة هناك أشخاص آخرين كانت تربطهم علاقة بيونس الشقوري مثل أخيره رضوان المعتقل السابق في سجن غوانتنامو والمفرج عنه سنة 2005 بالإضافة إلى سلفيين آخرين وهم من سيتم مواجهة يونس الشقوري بهم يوم 3 كانون الأول/ديسمبرالمقبل، والمواجهة ستجمع الشقوري أيضًا بسلفيين غادرا السجن بعدما أدينا في ملف "الجماعة الإسلامية" المغربية المقاتلة.

ومن جهة أخرى، لا زالت زوجة الشقوري تطالب بالإفراج عن زوجها، بحيث أن هذه الأخيرة تعتبر بأنه حصل اتفاق بين المغرب وأميركا يقضي بعدم متابعته في المغرب بأي تهمة، قبل أن تفاجأ بمواصلة اعتقاله وسجنه وتوجيه تهم ثقيلة له.

وحسب عائلة الشقوري، فإن يونس الشقوري نفى في جميع مراحل البحث عن علاقته بالتنظيم الذي كان يتزعمه صهره، وشدد على أنه غادر المغرب في سنة 1990، ولم يعد إلا بعد ترحيله من سجن "غوانتنامو" بعدما قضى حوالي 14 سنة رهن الاعتقال عقب القبض عليه من قبل الشرطة الباكستانية في كانون الأول/ديسمبر من سنة 2001، عقب محاولة للهرب من معقل حركة الطالبان وتنظيم القاعدة في أفغانستان.